Początkowo chrześcijanie nie byli rozróżniani od Żydów. Działalność misyjna wprowadzała jednak niepokój lokalny. W opozycji byli Żydzi oraz poganie, którzy nie byli zainteresowani nowym wyznaniem. Cesarz Neron w swej szalonej polityce użył chrześcijan do  swoich własnych rozgrywek politycznych. Prześladowania były krwawe, ale krótkotrwałe i ograniczało się do Rzymu. Motywem prześladowań było obarczanie chrześcijan winą za ówczesne wszelkie klęski i nieszczęścia jakie spotykają cesarstwo. Każde nieszczęście było pretekstem do wykrzyków: chrześcijanie do lwa. Po Neronie prześladowania ucichły, aż do cesarza Domicjana (81–96). Apokalipsa Jana była pisana w tym okresie. W niej zawarte są pewne informacje na temat stosunków chrześcijan wobec Rzymu: I ujrzałem Bestię wychodzącą z morza, mająca dziesięć rogów i siedem głów (Ap 13,1). Oczywiście bestią jest Rzym, symbol pogańskiego prześladowcy.

          Do dziś toczy się naukowa dyskusja na temat przyczyn prześladowań chrześcijan. Jak słusznie zauważył to prof. D. Olszewski  prześladowania były nieuniknione: Chrześcijaństwo niosło bowiem z sobą koncepcję życia tak dalece różniącą się od dotychczasowej, iż stało się potężną siłą niosącą zakwestionowanie istniejących stosunków nie tylko pod względem religijnym, ale i społecznych[1].

          Należy zauważyć, że do końca II w. nie wydano w Rzymie żadnego dokumentu świadczącego o oficjalnym prześladowaniu chrześcijan. Władza uważała, że niechęć do chrześcijan ma podłoże jedynie społeczne. Chrześcijan karano na podstawie ogólnego prawa rzymskiego.

          Cesarz Septymiusz Sewera (193–211) był poganinem przywiązanym do swojego kultu. Wobec chrześcijan czuł wyraźną nienawiść. Zaniepokojony sukcesami chrześcijan wydał w 202 r. dekret zakazujący chrześcijanom nawracania pogan na wiarę chrześcijańską. Celem dekretu było powstrzymanie dalszej ekspansji chrześcijaństwa.

          Kolejnym prześladowcą chrześcijan był cesarz Decjusz (249–251). Pragnął on umocnić jedność rzymską wokół tradycji religijnej rzymian. W 250 r. wydał nakaz składania ofiary pogańskiej przez wszystkich bez wyjątku obywateli. Tego nakazu chrześcijanie spełnić nie mogli.

          Prześladowania cesarza Waleriana (253–260) miały podłoże osobistej nienawiści do chrześcijaństwa. Sekundował jej wpływowy minister finansów Makrian. Chciał on napełnić pustą kasę dochodami dóbr kościelnych.

          Pomimo prześladowań chrześcijaństwo rosło w siłę. Cesarz Dioklecjan (285–305) próbował wskrzesić imperium opierając się na religii pogańskiej. Wydał on 4 edykty prześladowcze względem chrześcijan: konfiskata ksiąg, sprzętu liturgicznego, burzenie kościołów, więzienie członków hierarchii kościelnej, a także nakaz składania ofiar pogańskich pod groźbą surowych kar[2].

          Okres prześladowań zbliża się do końca. Na początku IV w. wydane zostaną w tym względzie odpowiednie dekrety. Za panowania Julian będą jeszcze próby odrodzenia pogaństwa, które zakończą się jednak fiaskiem. Cesarzowi Julianowi nadadzą przydomek Apostaty (Odstępca).

          Ucisk Kościoła powodował integrację wiernych, wzajemną życzliwość i pomoc. Historycy opisują wzajemny stosunek wiernych do siebie. Było niebezpiecznie, ale emanowała z chrześcijaństwa miłość. Tą miłością zarażali się inni. Wielu pragnęło żyć jak chrześcijanie.