Drugim wielkim teologiem, który został odsunięty i potępiony przez Kościół był Nestoriusz (384–451) mnich z Syrii. W latach 428–431  piastował urząd patriarchy Konstantynopola. Z urzędu zwalczał herezje arian, macedonian oraz apolinaryzm[1]. Nestoriusz podkreślał realną i pełną ludzką naturę Jezusa Chrystusa. Głosił oddzielenie dwu natur Jezusa, ludzkiej i boskiej, uznając ich złączenie na płaszczyźnie funkcjonalnej, a nie ontologicznej. Był więc przeciw preegzystencji Słowa. Jak głosił: Dwie natury pozostają w Chrystusie odrębne, gdyż nie jest możliwe aby Słowo-Logos cierpiało, skoro jego natura nie poddaje się cierpieniu. Zaprzeczał, aby Jezus Chrystus narodził się  z Marii z Nazaretu jak Bóg (Logos).  Maryja nie mogła być nazwana Matką Boga (gr. Theotokos), lecz jedynie Matką Chrystusa (gr. Christotokos). Jak tłumaczył: Bóg, jako wieczny, nie mógł narodzić się z ludzkiej matki ani tym bardziej umrzeć. Jedynie o człowieku można mówić, że urodził się i umarł.   Jego poglądy nazwano nestorianizmem. Ze względów również politycznych (jego przeciwnikiem był patriarcha Cyryl z Aleksandrii) cesarz Teodozjusz II zwołał sobór w Efezie, na którym nauka Nestoriusza została potępiona. Na tym soborze uczestniczył sam Nestoriusz. Nie obronił swojej doktryny. Przede wszystkim jego nauczanie miało przełożenie na przyjętą liturgię i modlitwę (credo), które nie chciano zmieniać. Został wygnany i uwięziony. Po śmierci jego prace teologiczne spalono. Jego doktryna stała się przyczyną powstania licznym Kościołom wschodnich, które prowadziły swoją działalność w izolacji od Kościoła katolickiego. Niektóre funkcjonują do dnia dzisiejszego, niekoniecznie uznając poglądy Nestoriusza. Można tu wyróżnić Kościół asyryjski, Kościół chaldejski, Starożytny Kościół Wschodu. 

          Filozoteizm zbliżył się do poglądów Nestoriusza dostrzegając szczególnie funkcjonalną i dynamiczną stronę Jezusa w Akcie działającym, nie umniejszając jego ludzkiego obrazu ontologicznego. Podobnie uważa, że w Betlejem narodził się Człowiek, a nie Bóg.  Jezus był zwykłym człowiekiem, który otrzymał za życia wiele łask od Boga.  Wcielenie Boga w Jezusie bardziej jest zrozumiałe w funkcji, w Akcie działającym, niż w ontologicznym bycie II osoby boskiej.

         Filozoteizm spiął poglądy Ariusza z poglądami Nestoriusza, uważając obu za wybitnych teologów owych czasów.

 Monofizytyzm

           W przeciwieństwie do nestorianizmu pojawiła się nowa herezja zwana monofizytyzmem. Chcąc obronić jedność osoby Jezusa Chrystusa, uważano, że w Chrystusie nastąpiło zlanie się dwóch natur, boskiej i ludzkiej, w jedną hipernaturę. Ta teza została zastąpiona przez Kościół na soborze chalcedońskim w 451 roku pojęciem uni hipostatycznej, czyli istnieniem dwu natur obok siebie.  Jezus Chrystus, będąc jedną osobą, posiada dwie natury oraz dwie wole.  Sobór watykański II przypomniał, że natura ludzka została przyjęta w Chrystusie bez naruszenia jej, dlatego też także i we wszystkich ludziach uzyskała ona wzniosłą godność. Można rozumieć, że dopiero od Jezusa natura ludzka otrzymała wzniosłą godność.

          Filozoteizm inaczej spostrzega to zagadnienie. Człowiek od początku miał swoją godność. Przez grzeszność utracił jedynie pierwotną doskonałą relację z Bogiem. Jezus swoją postawą i ofiarą krzyża przywrócił mu pierwotną relację i możliwość osiągnięcia zbawienia (doskonałość).