To co wiadomo, to to, że Linus (67/68-76?) syn Herkulanusa był najbliższym współpracownikiem Piotra. Neron zmarł w 68 roku. Powoli jego okrucieństwa traciły na sile. Po śmierci Piotra Linus zajął jego miejsce biskupa Rzymu. Św. Ireneusz napisał: Błogosławieni apostołowie, po założeniu i urządzeniu Kościoła, przekazali jego rządy i episkopat Linusowi. O Linusie wspomina Paweł w swym liście do Tymoteusza: Pospiesz się, by przybyć przed zimą. Pozdrawiają cię Eubulos i Pudens, i Linus, i Klaudia, i wszyscy bracia. (2 Tm 4, 21).^.To co wiadomo z pewnością, to dekret Linusa nakazujący nakrywanie głów przez uczestniczące w zgromadzeniach kobiety. Przekaz był tak skuteczny, że zwyczaj ten dotrwał do połowy XX wieku. Intencją jego było, aby fryzury kobiet nie rozpraszały mężczyzn. Podobnego zdania był poprzednio Apostoł Paweł. Echo zniszczenia Jerozolimy i Świątyni żydowskiej w 70 r. przez Tytusa robiło wrażenie. Paradoksalnie, ale to wydarzenie spowodowało, że Rzym stał się ostoją i stolicą chrześcijaństwa. Po zniszczeniu Jerozolimy obawiano się restrykcji Żydów i przy okazji chrześcijan w Rzymie. Nic takiego nie miało miejsca. Sami Żydzi byli niezadowoleni, że chrześcijan traktuje się na równo z nimi. Żydzi traktowali chrześcijan jak heretyków. Instytucja kościelna powoli krzepła. Wprowadzono organizację diakonów, prezbiterów i profetów (katechetów). Wprowadzona została nauka podstaw wiary. Jak głosi legenda, Linus zmarł śmiercią męczeńską i został pochowany obok św. Piotra. Inna wersja podaje, że zmarł śmiercią naturalną. W owym czasie daje się zauważyć zapotrzebowanie na męczenników. Również  w zniszczeniu Jerozolimy doszukiwano się znaku sprawiedliwości Boga za śmierć Jezusa. Filozoteizm odrzuca takie insynuacje, wyznając, że Bóg nikogo nie karze.

Papież Anaklet (76–88?)

          Imię papieża nie jest pewne. W grę wchodzi niejaki Klet. Prawdopodobnie zmarł śmiercią naturalną, choć kronikarze z IV w. widzą w nim męczennika. Za jego pontyfikatu po raz wtóry rozpoczęły się prześladowania chrześcijan. 

Papież Klemens I (91?–101?)

          Klemens z gminy rzymskiej, uwolniony niewolnik, papież w latach ok. 91–101. Jest o nim wzmianka w liście do Filipian: Także proszę i ciebie, prawdziwy Syzygu, pomagaj im, bo one razem ze mną trudziły się dla Ewangelii wraz z Klemensem i pozostałymi moimi współpracownikami, których imiona są w księdze życia (Flp 4,3). Klemensa Rzymskiego uważa się za najstarszego pisarza starochrześcijańskiego. Pozostała po nim korespondencja w języku greckim. By on autorem listu do Koryntian, który został wysłany w imieniu Kościoła rzymskiego z powodu wewnętrznych podziałów w tym mieście. Ucierpieli kapłani, których pozbawiono ich funkcji.

          Po prześladowaniach Domicjana (96–97 po Chr)  w Koryncie powstały zamieszki. Klemens apelował o przywrócenie pokoju, harmonii i porządku.  W dokumencie tym Klemens daje dowód znajomości Starego Testamentu, filozofii stoickiej i mitologii greckiej oraz daje cenny obraz wczesnego Kościoła, organizacji, przekonań i praktyki. Można w nim dostrzec rodzący się autorytet hierarchii kościelnej, kochającego ojca, patrona, człowieka znającego się na rzeczy (porównaj postawę dzisiejszych polskich biskupów).   

          II list do Koryntian jest przypisywany Klemensowi. Powstał ok. 150 roku. Podobnie dwa listy do dziewic, jemu przypisywane, powstały dopiero w III wieku. Skierowane są do kobiet i mężczyzn wiodących ascetyczny tryb życia, występując przeciwko wspólnemu zamieszkiwaniu osób poświęconych służbie Bogu.

         Cesarz Nerwa (95–98) skazał Klemensa na roboty w kamieniołomach Chersonezu. Tam biskup prowadził akcję duszpasterską tak skutecznie, że wielu współwięźniów nawróciło się na swą wiarę. Poirytowany imperator nakazał mu złożyć hołd rzymskim bóstwom. Klemens odmówił. Został za to przywiązany do kotwicy i wrzucony do Morza Czarnego.