Papież Jan I (523–526) zmuszony został do wyjazdu do Konstantynopola aby powstrzymać likwidację arianizmu, jaką zarządził cesarz Justyn I i jego siostrzeniec Justynian. Papież czynił to niechętnie, ale ze względów politycznych podjął trudy podróży. Niestety nic nie osiągnął. Teodoryk Wielki wtrącił do więzienia wszystkich posłów towarzyszących papieżowi. Oszczędził tylko papieża (inne źródła podają, że umarł w więzieniu). Wiele zasług dla kościoła  miała mądra córka Teodoryka Amalaswinta. Miała ona wpływ na wybór kolejnego papieża. Na polecenie papieża Jana I Dionizjusz Mały (470–550) ustalił datę narodzin Jezusa Chrystusa w nowej tabeli paschalnej wzorowanej na tabeli Cyryla aleksandryjskiego. Obliczył, że Jezus Chrystus urodził się 25 grudnia roku 753 od założenia Rzymu. Od roku następującego po tej dacie (rok 1 n.e.) zaczął liczyć erę chrześcijańską, od jego imienia zwaną także erą dionizyjską. Papież Jan I wprowadził ten nowy sposób datowania, oparty na początku ery chrześcijaństwa. Dionizy popełnił jednak błąd w swych obliczeniach wyznaczając początek ery chrześcijańskiej na rok 754 ery rzymskiej, podczas gdy poprawną datą jest rok 750 lub nawet 748. Dionizjusz ustalił również sposób obliczania daty Wielkanocy.

Papież Feliks IV (III) (526–530) pozyskał od Teodoryka zgodę na poddanie duchowieństwa jurysdykcji papieża. Papiestwo otrzymało ogromne narzędzie prowadzenia samodzielnej władzy i swojej polityki. Pod koniec pontyfikatu Feliksa w 529, na wzgórzu Monte Casino powstała słynny klasztor załozony przez Benedykta z Nursji (ok. 480–547).

Papież Bonifacy II (530–532) wybrany w tym samym dniu co antypapież Dioskur. Siódma już schizma w kościele zakończyła się wraz ze śmiercią Dioskura. Po raz pierwszy w dziejach papiestwa mówiło się o symonii (przekupywanie wyborców), która była już głęboko zakorzeniona.  Papież rozwiązał na II synodzie w Orange (529) spór na temat łaski i wolnej woli. Korzystał z Biblii oraz z pism Ojców Kościoła, szczególnie Augustyna (354–430). Opracowane kanony nabrały wielkiego znaczenia w Kościele w nauce o grzechu pierworodnym i łasce.

Papież Jan II (533–535) był pierwszym papieżem, który zmienił imię. Do czasu wyboru miał na imię Merkury, nazwę pogańskiego bożka. Od tej pory stało się to już powszechną tradycją.   

Papież Agapit I (535–536) otrzymał polecenie od króla Italii Teodohada wyjazdu do Konstantynopola aby powstrzymać Justyniana w jego agresywnej odsieczy po zabiciu Amalaswiny (została uduszona na rozkaz kuzyna, króla Teodohada. Papież nie wrócił już do Rzymu. Zmarł w Konstantynopolu.