W Europie XI–XIII pojawiło się wiele ruchów heretyckich. Kara śmierci za głoszenie herezji pojawiła się w dekrecie Piotra Aragońskiego z 1197 r., ale już w XI wieku kilku heretyków zostało spalonych. Źle poinformowany papież Innocenty  III wyraził zgodę na masakrę albigensów.

          Ponieważ herezja nadal się szerzyła, w celu zlikwidowania tego  niebezpieczeństwa papiestwo w XIII wieku zorganizowało inkwizycję[1]. Biskupi mieli  obowiązek wykrywania i karania herezji. Zdemaskowany heretyk oddawany był władzom świeckim w celu ukarania. Podobnie jak Żydzi sami nie ukrzyżowali Jezusa, jedynie posłużyli się do zbrodni władzą rzymską.  Sobór Laterański IV, cesarz Fryderyk II w 1220 roku, a król Ludwik VIII w 1226 roku uznali obowiązek biskupów do wykrywania i sądzenia heretyków, a także zobowiązanie władzy świeckiej do wymierzania odpowiedniej kary. Rodzaj kary jak np. spalenie na stosie został określony przez cesarza w 1224 r. W praktyce stosowano ją już w wcześniej w Aragonii i Langwedocji. Papież Honoriusz III akceptował ją w cesarskiej Italii. Papież Grzegorz IX włączył prawodawstwo cesarskie do prawa kanonicznego (1231) ze wszystkim szczegółami stosowania kary. Za przykładem poszły inne miasta w innych krajach (Niemcy, Francja, Italia, Niderlandy, płn. Hiszpania). W północnej Francji dominikanin Robert le Bougre, nawrócony z kataryzmu, zdobył sobie sławę człowieka, którego imię budziło lęk i nienawiść. Inkwizycja popierana przez papieży, biskupów i dominikanów powoli wykorzeniła kataryzm. Inkwizycja stosowała nieludzkie metody w badaniach podejrzanych (tortury). Trzeba było udowadniać swoją niewinność.

          Dla ogółu chrześcijaństwa, ilość inkwizycji była informacją o istnieniu w ich gronie dysydentów, którzy aktywnie rozpowszechniali nauki i praktyki naśladujące najświętsze obrządki chrześcijańskie, a jednocześnie odrzucali wiarę chrześcijańska. Mimo nieludzkich metod, ludzie bali (ksenofobia – czyli strach przed obcymi) się innowierców i heretyków, tak więc wyrażali aprobatę na tę nikczemność Kościoła i władz świeckich.

          Wiek XII i XIII to intensywne działanie inkwizycji. Zbiegło się to z prawem rzymskim w którym nakładano najsurowsze kary dla manichejczyków. W ten sposób zanikało poczucie humanitaryzmu i naturalnej sprawiedliwości.  Człowiek nie ochrzczony nie miał żadnych praw. Dziwne, że w życiu  prywatnym najwięksi inkwizytorzy byli zarówno sprawiedliwi, jak i humanitarni. Podobnie jak najwięksi zbrodniarze hitlerowcy prowadzili bogobojne życie rodzinne.