Spory chrystologiczne wciąż trwają. Między kościołem aleksandryjski a Konstantynopolem wciąż iskrzy. Kolejnym tematem spornym był tytuł „Bogarodzica” (Theotokos). Jedni byli zdania, że Maryja zrodziła tylko człowieka, w którym zamieszkuje Bóstwo. Patriarcha Konstantynopola Nestoriusz chciał uniknąć sformułowań: Bóg narodził się z niewiasty, Bóg cierpiał, dlatego proponował formułę: Maryja zrodziła człowieka, narzędzie Bóstwa.

          Cyryl sprzeciwiał się tej formule i argumentował to tak: jeśli ciało Jezusa nie jest ciałem Boga, to wówczas nie może On nam także ofiarować życia; jeśli Jego śmierć na krzyżu nie jest śmiercią Boga, to nie może On nas także wybawić od śmierci.

           Obaj patriarchowie odwołali się do Rzymu. Niestety Nestoriusz pisał greką, a Cyryl łaciną. Nie do końca zrozumiały Nestoriusz przegrał. Rzym stanął po stronie Cyryla. Cyryl zażądał od Nestoriusza, aby przyjął jego stanowisko. Nestoriusz wyszedł z inicjatywą zwołania soboru. Cesarz Teodozjusz zwołał sobór do Efezu. Atmosfera była dość dramatyczna. Obaj biskupi otrzymali ochronę policyjną. Cyryl dość się panoszył i narzucał swoje rozwiązania. Nie czekał na biskupów antiocheńskich. Autorytetem dla soboru był Sobór Nicejski. Nestoriusza złożono z urzędu za jego „bezbożne nauki”.  Kiedy przybyli antiocheńczycy odbyli w Efezie antysobór, który zdjął z urzędu Cyryla. Dwa oddzielne sobory wzajemnie się ekskomunikowały. Cesarz przerwał ten gorszący spektakl. Po przybyciu legatów rzymskich otworzono sobór na nowo. I tym razem Nestoriusz przegrał. Nestoriusza i Jana z Antiochii zostali ekskomunikowani. Nestoriusa i co ciekawe Cyryl zostali w areszcie domowym. Cyryl uciekł do Aleksandrii. Nestoriusz usunął się do klasztoru w Antiochi.

          Efez może służyć za przykład soboru, który powoduje podział. Był jednostronnym zwycięstwem określonego kierunku teologicznego nad innym. Jego bezpośrednim skutkiem był rozpad communio pomiędzy oboma wielkimi patriarchatami, Aleksandrią i Antiochią[1].

          Po dwóch latach próbowano załagodzić spór między dwoma patriarchami.      Cyryl trochę ustąpił z formuły jednej natury wcielonego Słowa. Formuła unijna ujęła Chrystusa jako „doskonałego Boga” i „doskonałego człowieka”. Mówi ona o „zjednoczeniu dwóch natur”. Pokój zawarty był jednak chwiejny i niepewny. Utrzymywał się do czasu śmierci Cyryla i Jana z Antiochii. Po ich śmierci nastąpiła ponowna radykalizacja postaw.