Tymczasem pojawia się zagrożenie ze strony Filistynów. Pierwsze walki są przegrywane. Nie pomaga nawet obecność Arki Przymierza, która jest widomym znakiem obecności Boga pośród Jego ludu. Wpada ona w ręce Filistynów. Jej utrata była znakiem, że Bóg przestał sprzyjać swojemu ludowi. Było to wielkim ciosem dla armii izraelskiej, o wiele większym niż fakt przegrania bitwy. Filistyni odnoszą zwycięstwo nad Izraelem. Posiadanie przez Filistynów Arki (rzeczy świętej) i posługiwanie się nią bez zaangażowania religijnego, okaże się zwykłym fetyszyzmem.  Filistynów spotyka wiele przykrości (utrata posągu boga Dagona). W końcu zaraza i inne dziwne wydarzenia zmuszają ich do oddania Arki. Malownicza opowieść opiera się na ludowych wierzeniach. Autor próbuje pokazać, że grzechy muszą być ukarane, ale sam Bóg jest niepokonany. Filistyni muszą uznać wyższość Boga Izraelskiego nad innymi bóstwami pogańskimi.

          Arka poraziła wiele osób. Można to tłumaczyć zuchwałością wiernych, którzy być może chcieli ją otworzyć, nie będąc do tego powołanymi (nie-kapłani). Prawdopodobne jest, że po jej czyszczeniu (naelektryzowaniu) stała się kondensatorem pełnym ładunku elektrycznego. Przy dotykaniu następowało wyładowanie elektryczne  kończące się śmiercią. Arka została ulokowana w Kiriat–Jearim aż do czasów Dawida. 

          Samuel czyni celebrację pokutną (post, pokropienie oczyszczające, składanie ofiary, modły, wyznanie grzechów) w celu oczyszczenia narodu z grzechu bałwochwalstwa (kult kananejskich bóstw Baala i Asztarty), który jest przyczyną klęsk i nieszczęść ludu. Wędruje do sanktuariów różnych pokoleń (Betel, Gilgal, Mispa) i wymierza tam sprawiedliwość. Samuel jest pokazany jako wielki orędownik swojego ludu. Człowiek pełen modlitwy, podobny do Mojżesza.

          Kiedy jednak Samuel się postarzał, sędziami nad Izraelem ustanowił swoich synów (8,1). Joel i Abiasz nie spełniali jednak oczekiwań narodu. Historia się powtarza. Okazuje się, że dzieci nie są godne swoich ojców, o czym przekonali się już wcześniej Gedeon czy Heli. Pisanie tak gorzkich prawd, a nie ładnych, zmyślonych opowiadań jest potwierdzeniem prawdziwości historycznego przekazu biblijnego. Tak jest napisane, bo tak się zdarzyło. Z kolei zmyślone opowiadania, o zawiłej (czasem niemoralnej) fabule, mają cel dydaktyczny.