Drugim ważnym pojęciem wprowadzonym przez autora czwartej Ewangelii jest „światło” nadprzyrodzone na podobieństwo światła widzialnego. Filozoteizm w pełni aprobuje to pojęcie dostrzegając w nim doskonałe obrazowanie (analogię) nie tylko substancji ducha, ale i jego dynamikę. Nie należy jednak utożsamiać światła nadprzyrodzonego z falą elektromagnetyczną (światłem fizycznym). To inna natura, inny rodzaj emisji i promieniowania. W XIII wieku Bonawentura uważał, że światło nadprzyrodzone jest formą istnienia wszystkich ciał, czyli że jest w każdym ciele materialnym. Filozoteizm odcina się częściowo od takiego poglądu uznając jednak, że światło duchowe jest w każdym człowieku.
Światło nadprzyrodzone to odpowiednik natury duchowej. Źródłem światła jest sam Bóg: On był lampą, co płonie i świeci (J 5,35). Owe światło metafizyczne jest istotą osobowego Boga i równocześnie objawia się jako Jego atrybut. Ma w sobie moc, która poprzez promienie rozprzestrzenia się w nieskończoność. Światło nadprzyrodzone stwarza światło fizyczne, które w szczególny sposób staje się znakiem tego pierwszego. Światło jest wspólną platformą Boga i człowieka. Można go utożsamiać z życiem: życie było światłością ludzi (Łk 1,4). Natura światła pozwala łączyć ducha człowieka z Bogiem w jeden strumień. Odległość od Źródła określa stopień zażyłości z Bogiem. Na końcu znajdują się dusze, które nie przyjęły zaproszenia od Boga. Ważne jest, że jednak są. Daleko, ale w tym samym strumieniu. Być może ich odległość kiedyś się zmniejszy i ogrzeją się ciepłem zbliżającego się Źródła. W obrazie światła jest miejsce na Boga, niebo, czyściec a na końcu miejsce, które określa się niesłusznie piekłem.
Kiedy człowiek patrzy w źródło światła zostaje oślepiony jego blaskiem. Paradoks. Widzi się jego promienie, a nie dostrzega się tego, co jest najmocniejsze i najistotniejsze. Światła nie widać bezpośrednio, jest ono niewidzialne. Podobnie jest ze Źródłem Światła, który obrazuje Boga: Boga nikt nigdy nie widział (J 1,18). Nie ma takiej przesłony przed światłem, aby można było poznać i dostrzec samego Boga. Człowiek musi się z tym pogodzić. Ważne, że jest, istnieje i działa.
Aby człowiek mógł dostrzec światło nadprzyrodzone musi mieć w sobie wiarę, która oświeca i wzmacnia rozum oraz uzdalnia do pojmowania tajemnic Bożych.
