Papież Grzegorz VI (1045–1046)  – był ojcem chrzestnym papieża Benedykta IX. Ubolewał nad nieudanym pontyfikatem Benedykta. By ratować prestiż papiestwa i Kościoła namówił papieża do abdykacji za określoną kwotę. W pięć dni później został wybrany na papieża. Papież stanął na czele armii do zwalczania rozbójników, którzy nękali Rzym i okolice. Stronnictwo proniemieckie oskarżyło go symonię. Benedykt IX dalej uważał się za prawowitego papieża.

          W 1045 r. funkcjonowało trzech papieży: Benedykt IX, który wrócił z wygnania, Sylwester III wybrany przez ród Krescencjuszy oraz Grzegorz VI, który kupił ten urząd. Do króla Henryka III przyszedł list opisujący nienormalną sytuację. Na synodzie w Sutrii Benedykt IX został skazany na wygnanie, Sylwester III odesłany do dawnego biskupstwa, a Grzegorz VI skazano na zesłanie do Kolonii, gdzie wkrótce zmarł. Król Henryk III uratował papiestwo.

Papież Klemens II (1045–1047)  –  wybrany za namową króla Henryka III, w podzięce koronował króla na cesarza. Zapowiadał się na wielkiego reformatora, niestety zmarł przedwcześnie. Zdążył podnieść autorytet papieża.

Papież Damazy II (1048)  –  zmarł wkrótce (być może został otruty przez zbirów Benedykta IX).

Papież Leon IX (1049–1054)  –  w szatach pątniczych i boso czekał przed Rzymem, aby Rzymianie z własnej woli wybrali go na papieża. Tym samym podkreślił konieczność wyboru, a nie mianowania papieży. Dużo podróżował po biskupstwach, uczestniczył w synodach, odwiedzał kościoły. Pragnął uniezależnić się od cesarzy niemieckich i wyzwolić się spod ich dominacji. Chciał usunąć symonię i nikolaityzm[1]. Leon IX przez swoje podróże poza granice Italii, manifestował uniwersalny charakter papiestwa i uświadomił, że papież jest zwierzchnikiem wszystkich Kościołów. Jego podróże pobije dopiero Jan Paweł II. Umiędzynarodowił kościelny senat. Normanowie[2] wzięli go w niewolę. Jego postawa zyskała mu szacunek zwycięzców. Z niewoli powrócił chory i załamany psychicznie. Wkrótce zmarł. Nie miał nic wspólnego z wydarzeniami rozgrywającymi się w Konstantynopolu. W 1054 r. nastąpiło trwałe rozejście się Kościoła Wschodniego od łacińskiego za sprawą dwóch hierarchów kościelnych, którzy obłożyli się klątwami.