Papież Sylweriusz (536–537) syn papieża Hormizdasa. Był żonaty gdy obejmował urząd papieski. Został wybrany przez poparcie ostrogockiego króla Teodahada. Król chciał wzmocnić swoją pozycję względem państwa bizantyjskiego. Teodora, żona cesarza Justyniana I, zwolenniczka monofizytów, porozumiała się z diakonem rzymskim Wigiliuszem. Przez intrygi, papież został oskarżony o zdradę i odsunięty od tronu papieskiego. Do jego śmierci głodowej przyczynił się jego następca papież Wigiliusz.
Papież Wigiliusz (537–555) otrzymał godność papieża, ale za cenę obalenia postanowień Soboru Chalcedońskiego (451) i przywrócenie monofizyty Abtimosa I na tron patriarchy Konstantynopola.. On swoim poprawnym rządzeniem sprawił cesarzowej zawód. Rzym uważał za pierwszą stolicę chrześcijaństwa. Aresztowany, został wywieziony do Konstantynopola. Tam działał na rzecz Kościoła wschodniego wdając się w spory personalne. To nie podobało się Kościołowi rzymskiemu. Cesarz zwołał V-ty Sobór Powszechny w Konstantynopolu w 553 r. Było na nim tylko 12-tu biskupów z zachodu. Wigiliusz na nim nie uczestniczył. Za wiele ustępstw otrzymał zgodę powrotu do Rzymu. W drodze do niego zmarł.
Papież Pelagiusz (556–561) podporządkowany cesarstwu uzdrowił finanse Kościoła Rzymskiego. Władza jego nie wykraczała poza granice Rzymu. Rzym w tym okresie przechodził trudny okres. Powszechna bieda i głód. Kler był jedyną grupą posiadaczy, który żywił lud.
Papież Jan III (561–574) wybrany przez duchowieństwo Rzymu musiał cztery miesiące czekać na zatwierdzenie przez cesarza Justyniana I. Za jego pontyfikatu na Italie najechali Longobardowie pod wodzą króla Alboina (zm. 572). Najazd spowodował zmniejszenie napięcia między Wschodem a Zachodem.
Papież Benedykt I (575–579) musiał borykać się z Longobardami, którzy nękali Rzym. Cesarz nie bardzo umiał pomóc. Wysłał flotę stacjonującą w Egipcie, ale było to za mało.
Papież Pelagiusz II (579–590) miał podobne problemy co poprzednik. Cesarz ze względu na prowadzoną wojnę z królem perskim odmówił pomocy. Sugerował, aby poprosić o pomoc franków. Owszem podjęli starania wojenne, ale bez pozytywnych rezultatu. W 585 udało się osiągnąć zawieszenie broni z królem Longobardów. Stopniowo wzrastał prestiż papiestwa. Pelagiusz zmarł w Rzymie przez zarazę, która wybuchła po wylaniu Tybru.