Św. Tomasz z Akwinu (1225–1308) był członkiem zakonu dominikanów. Jego rola polegała na tym, że idąc za swoim mistrzem Św. Albertem Wielkim dostrzegł, że najbardziej właściwym systemem filozofii starożytnej dla interpretacji myśli chrześcijańskiej jest nie platonizm lecz arystotelizm. Przez 1000 lat myśl chrześcijańska wiązała się z filozofią platońską. Przyjście do arystotelizmu było wydarzeniem rewolucyjnym. Jego filozofia zyskała szczególną aprobatę Kościoła. Stąd papieże polecali, aby w szkołach katolickich wykładano filozofię i teologie w duchu św. Tomasza zwanego doktorem anielskim lub powszechnym.
Nawiązując do ducha filozofii scholastycznej św. Tomasz zajął się stosunkiem wiary do wiedzy. Do jego czasów bardzo często mieszano ze sobą porządek wiary i rozumu, filozofię z teologią. Utrzymywał, że dla właściwego poznania prawdy należy wyraźnie rozgraniczyć poznanie przez wiarę od poznania przez rozum. Te dwa rodzaje poznania, chociaż różne, nie mogą być nigdy ze sobą sprzeczne, a to dlatego, że ostatecznym ich fundamentem jest sam Bóg jako stwórca rozumu i dawca objawienia. Poznanie przez rozum rzeczywistości, która jest dostępna oraz przez wiarę, która ma charakter nadprzyrodzony. Podobnie filozofia – nauka przez racje naukowe, natomiast w teologii przez Objawienie Boże. Teologia wykorzystuje filozofię jako naukę pomocniczą. Czasami teologia jak i filozofia zajmują się tym samym zagadnieniem, ale nastawienie ich jest inne. Refleksja rozumowa (kategorie bytów) – filozofia. Refleksja w kategorii objawienia – Bóg, Stwórca itp.
Św. Tomasz uważał, że umysłowi ludzkiemu bezpośrednio znane są tylko rzeczy jednostkowe, które są substancjami, a tym samym realnymi bytami. To zaś co jest ogólne, uniwersalne nie jest substancjalne i nie istnieje samodzielnie. Istnieje w jednostkowych rzeczach i z nich mogą być wyabstrakcjonowane przez umysł. To co ogólne zwane uniwersalne, np. drzewo, człowiek itp. mogą mieć potrójną formę:
istota rzeczy jednostkowej,
pojęcia ogólne, które w swej treści wyrażają istotę rzeczy jednostkowej i istnieją w umyśle,
Idea lub myśli Boże, według których rzeczy zostały stworzone.
Zastanawiając się bliżej nad konkretnym jednostkowym bytem św. Tomasz doszedł do rewelacyjnego odkrycia: każdy byt składa się z dwóch zasadniczych i podstawowych elementów:
z istoty (essentia),
z istnienia (esse – być).
Słowo „istnienie” używa rzeczownikowo jako realny akt istnienia, coś bardzo dynamicznego, jest tu i teraz. Istota zaś bytu wyraża najgłębszą treść tego bytu, sprawia, że rzecz jest taka jaka jest, a nie inna. Istnienie natomiast jest tym elementem w bycie, który sprawia, że istota nie jest czymś abstrakcyjnym, pomyślanym, ale że tu i teraz realnie istnieje. To rozróżnienie w bycie na istotę i istnienie pozwoliło św. Tomaszowi na zbudowanie powszechnej teorii bytu, której można dokonać analizy wszelkiego bytu od najprostszego np. kamienia, kończąc na bycie absolutnym – Bogu, a to dlatego, że każdy byt niezależnie jakiej doskonałości jeśli jest realny, to jest jakąś treścią, czyli ma własną istotę, jest czymś i równocześnie jest, istnieje. Tym się różni byt realny od bytu abstrakcyjnego, że realny posiada własne istnienie, podczas gdy abstrakcyjny istnieje istnieniem umysłu (podmiotu umysłowego). Pojęcia metafizyczne (np. byty duchowe) mogą być odkryte na drodze umysłowej refleksji, a nie na drodze eksperymentu. W wierze rozumnej podobnie byty duchowe nie mogą być badane za pomocą zmysłów, ale można poznawać je przez analizę ich skutków działania. Byty metafizyczne są dla człowieka bardziej dynamiczne niż ontologiczne. Byty metafizyczne można badać tylko dlatego, że działają.
Zastanawiając się nad tak rozumianymi bytami jako złożonymi z istoty i z istnienia św. Tomasz zauważa, że rzeczywistość nas otaczająca składa się z bytów, które są, ale nie mają konieczności istnienia. Wynika z tego, że ich istnienie nie przynależy z konieczności do ich istoty, tzn. że istota tych bytów nie jest przyczyną ich istnienia. Gdyby tak było, to musiały być zawsze, ponieważ zaś są bytami przygodnymi, domagają się swego uzasadnienia istnienia takiego bytu, który istnieje sam z siebie, a więc jako byt konieczny będący ostateczną racją i przyczyną wszelkiego bytu. W takim bycie istnienie wypływa z jego istoty, a ściśle mówiąc z nią się utożsamia. Taki byt nazywamy absolutem albo inaczej czystym aktem istnienia, co w języku religii nazywa się Bogiem. W oparciu o taką teorię bytu św. Tomasz formułuje swoje metafizyczne teorie na istnienie Boga, które nazywa drogami. Są one różnymi sposobami rozumowego dojścia do stwierdzenia nie tylko kim jest Bóg, jaki On jest, ale że Bóg jest. W swoich dowodach na istnienie Boga św. Tomasz wychodzi od 5 różnych, ale konkretnych aspektów rzeczywistości zmysłowo dostrzeganych. Od tych aspektów noszą nazwę drogi:
z ruchu,
z przyczynowości,
z przygodności,
stopnia doskonałości,
z celowości.
We wszystkich tych drogach schemat rozumowania jest podobny. Wychodząc od danego aspektu rzeczywistości św. Tomasz szuka racji uzasadniającej tej aspekt, czyli szuka przyczyny. We wskazaniu przyczyny tworzy się pewien łańcuch przyczyn wzajemnie sobie przyporządkowanych. Nie można jednak iść w nieskończoność i dlatego trzeba przyjąć istnienie pierwszej przyczyny tzn. istnienia takiego bytu, który jest przyczyną przyczyn, ale sam przyczyny nie potrzebuje. Przyjęcie pierwszej przyczyny jest koniecznością logiczną (podobnie w filozoteizmie). W przeciwnym razie, niemożliwą byłoby rzeczą, aby istniał nieskończony szereg przyczyn skończonych. Jeżeli nie byłoby pierwszej przyczyny, to nie mogło być drugiej, trzeciej i kolejnych i tych które dostrzegamy. Zastanawiając się z kolei nad światem św. Tomasz utrzymuje w oparciu o swoją metafizykę, że nie mógł on inaczej powstać jak tylko na drodze stworzenia, czyli powołania go do istnienia przez Boga jako pierwszej przyczyny. Filozoteizm zamiast słowa „stworzenia” wyjaśnia, że cały świat jest efektem stałego działania Boga. Od pierwszego momentu powołania świata do istnienia poprzez ciągłe podtrzymywanie świata w swoim istnieniu (continus creatio). Św. Tomasz stwierdza, że Bóg stworzył świat w sposób wolny, a nie z konieczności. Bóg nie tylko świat stworzył, ale ciągle go w istnieniu podtrzymuje. Kierowanie zaś światem w sposób uporządkowany nazywa opatrznością.
Obserwując rzeczywistość świata widzialnego zauważa się zróżnicowanie pod względem doskonałości. Na szczycie tym jest człowiek ponieważ łączy w sobie rzeczywistość materialną z duchową. Z tego faktu św. Tomasz wyprowadza wniosek, że skoro między człowiekiem a bytami nieożywionymi istnieją byty pośrednie, to dla symetryczności stworzeń należałoby przyjąć, że między człowiekiem a Bogiem istnieją byty pośrednie, które jako doskonalsze od człowieka są natury duchowej, a potoczne zwane aniołami (duchami). Filozoteizm uważa tę tezę za nieuprawnioną i nieprzekonywującą.
Św. Tomasz w nauce o człowieku opiera się na Arystotelesie utrzymując, że człowiek jest jednością substancjalną duszy i ciała. W kategoriach filozofii Arystotelesa ciało pełni rolę materii, a dusza pełni rolę formy substancjalnej. Różnica między Arystotelesem, a św. Tomaszem polega na tym, że Arystoteles mówiąc o duszy ludzkiej nie wypowiadał się nic na temat jej duchowości i nieśmiertelności. Ponieważ według Arystotelesa materia i forma mogą istnieć tylko w zespoleniu, a nie oddzielnie, stąd wnioskował, że z chwilą śmierci człowieka następuje jego całkowite unicestwienie jako byt. Św. Tomasz natomiast utrzymywał, że forma bytu ludzkiego jest duchowa i substancjalna dusza, a nie tylko jakiś bliżej nieokreślony dynamizm życiodajny realizujący się w materii, nie istniejący poza nią. Swoje stanowisko św. Tomasz uzasadniał analizą ludzkiego działania.
Jest bowiem rzeczą doświadczenia, że u człowieka obok działań wegetatywnych i zmysłowych zachodzą również działania umysłowe, których nie spotyka się u zwierząt. Działania umysłowe charakteryzują się tym, że dokonują się bez bezpośredniego udziału ciała i wykraczają poza ramy przestrzenno czasowe istotne dla materii. Takimi działaniami umysłowymi jest myślenie (refleksja), wnioskowanie, dowodzenie, twórczość znajdująca wyraz w sztuce, poezji, nauce itp. Teza ta jest albo bezzasadna, albo inaczej trzeba zdefiniować „działania umysłowe”.
Zgodnie z zasadą przyczynowości skutek musi być proporcjonalny do przyczyny, a zarazem tej samej natury. Skoro więc są w człowieku działania duchowe, to domagają się one dla swego uzasadnienia istnienia w człowieku realnej przyczyny takich działań, która musi być tej samej natury, a więc i duchowej. Nie może skutek być doskonalszy od przyczyny. Skoro więc działania duchowe człowieka dokonują się niezależnie od ciała – to tym samym i ich przyczyna, która potocznie nazywa się duszą musi być nie tylko w działaniu, ale i istnieniu niezależna od ciała. Jest to podstawą do stwierdzenia, że śmierć ludzkiego ciała niekoniecznie pociąga za sobą śmierć duszy. Z tego, że dusza jest nieśmiertelna nie wynika, że człowiek jest nieśmiertelny, człowiek bowiem, to nie sama dusza, ale jedność substancjalna duszy i ciała. Stąd dusza po śmierci człowieka nie jest człowiekiem. Z tej jednak racji, że jest ona elementem determinującym i kształtującym byt ludzki zachowuje w sobie zdolność do kształtowania i formowania tego oto, a nie innego ciała, czyli swojego ciała. Dzięki temu dostosowaniu dusze ludzkie po śmierci zachowują swoją odrębność i indywidualność. Mówiąc o jedności substancjalnej człowieka mówi się o tzw. jedności bytowej. Pojęcie substancji może mieć znaczenie fizykalne, różne od filozoficznego. W ujęciu filozoficznym przez substancję rozumie się to co realnie jest i decyduje o tym, że byt jest taki, a nie inny. Jedność substancjalna duszy i ciała polega na tym, że ani sama dusza, ani samo ciało nie stanowią człowieka i dopiero ich zespolenie sprawia zaistnienie człowieka, który nie jest zlepkiem dwóch substancji, ale jedną substancją natury duchowo-cielesnej. Cały człowiek jest ciałem i cały człowiek jest duszą. Stąd dusza i ciało nie są substancjami, ale elementami strukturalnymi ludzkiej substancji. Dlatego też, z chwilą śmierci ciało ludzkie przestaje być ciałem. Inaczej mówiąc, zwłoki byłej osoby ludzkiej.
Według św. Tomasza z Akwinu wiara jest aktem rozumu wykonanym pod naciskiem woli. Jest ona rozumnym oddaniem się Stwórcy oraz swoistym poznaniem. Nie może jednak urzeczywistniać się w ślepym posłuszeństwie wobec Boga. Musi to być akt rozumny i uzasadniony, w poczuciu absolutnej pewności i świadomej odpowiedzialności wobec objawiającego się Boga. W epistemologii (nauce o poznaniu) wiara to uznawanie za prawdziwe nieuzasadnionego twierdzenia. Św. Tomasz przedstawia wiarę jako przyrodzony stan umysłu, polegający na pewności prawd nie z racji dowodów rozumowych, ale przez przyjęcie świadectwa autorytetu, wynikający z zaufania (wiara chrześcijańska, czyli zaufanie do Kościoła Chrystusowego jest nadto łaską oraz cnotą teologiczną). Źródłem wiary mogą być zewnętrzne świadectwa Boga (ogląd skutków działania Boga) lub przekaz Prawdy od innych osób. Często też, jest to akt złożony.
Każde prawo ustanowione przez ludzi o tyle ma moc prawa, o ile wypływa z prawa naturalnego. Jeżeli natomiast pod jakimś względem sprzeciwia się prawu naturalnemu, nie jest już prawem, ale jego wypaczeniem. Dogmaty są tylko przybliżeniem do prawdy! Warto zwrócić uwagę, kto to powiedział.
Mówi się czasem, że czyn jest moralnie obojętny (adiafora). Warto jednak zastanowić się nad słowami św. Tomasza, który mówił: żaden czyn świadomy nie może być moralnie obojętny, gdyż człowiek, działając świadomie, zmierza zawsze, choć w sposób niewyraźny, do jakiegoś celu. Na poparcie tej tezy wykorzystuje się słowa św. Pawła: czy jecie, czy pijecie, czy cokolwiek innego czynicie, wszystko na chwalę Bożą czyńcie (1 Kor 10,31).
6 grudnia 1273 r., po mistycznym doświadczeniu, zwątpił we własne prace badawcze i nie dokończył trzeciej części Sumy Teologicznej. Jak mówił: wszystko, co napisałem, wydaje mi się jak słoma w porównaniu z tym, co zostało mi objawione. Niedługo pozostał przy życiu. Zresztą modlił się o łaskę rychłej śmierci: Jedyna rzecz, jakiej teraz pragnę, to aby Bóg, który przerwał moje pisanie, zakończył również szybko moje życie. Zmarł w trzy miesiące później, 7 marca 1274 r.