W celu przekonania wiernych do wiary w zmartwychwstałego Jezusa skomponowano scenę z Tomaszem, aby na końcu napisać: Błogosławieni, którzy nie widzieli, a uwierzyli (J 20,29). Autor pisze, że: zapisano, abyście wierzyli, że Jezus jest Mesjaszem, Synem Bożym, i abyście wierząc mieli życie w imię Jego (J 20,31). «Zapisano» można zrozumieć, że starano się za wszelką cenę przekonać do wiary. “Być może autor Ewangelii zamierzał w sposób przejaskrawiony przedstawić rozterkę uczniów po ,zmartwychwstaniu oraz dręczące ich wątpliwości” (Biblia dla każdego. Nowy Testament, tom I, Wyd. Jedność, Kielce 2007, przypis s. 353.).
Jezus ukazuje się w różnych miejscach i czasie. Wyraźnie wskazuje, że należy już do innej rzeczywistości. Nie od razu jest rozpoznawany. Zmysły już Go nie dotyczą. Widziany jest oczyma wiary. duszy (neurotycznie). Każdy widzi Go trochę inaczej, według własnych zdolności i czystości serca.
Jezus trzy razy pyta Piotra, czy Go miłuje. Trzy razy, jak trzy razy Go zdradził. Za każdym razem Piotr odpowiada: “Tak, Panie, Ty wiesz, że Cię kocham” (J 21,15.16.17). To słowa rehabilitujące ze zdrady. Po tym wymazaniu trzykrotnego zaparcia się Piotra, Jezus przekazuje mu władzę pasterską: “Paś owce moje” (J 21,17).
Na tym kończę egzegezę Ewangelii według św. Jana. Napisana została ona w Efezie (brane są pod uwagę i inne miejsca: Antiochia Syryjska, Aleksandria) pod koniec I wieku lub na przełomie I/II. Po niej powstawało jeszcze wiele innych dzieł pisanych jak listy pasterskie, apokryfy, które dopełniały opis powstałej religii chrześcijańskiej. Rodziła się również tradycja, której wyrazicielami byli Klemens Aleksandryjski, Ireneusz z Lionu.
Od samego początku toczył się spór doktrynalny między Chrześcijanami a Żydami. Do tego dochodziły spekulacje gnostyków. Przyjmuje się, że Ewangelia Jana jest owocem długiego procesu redakcyjnego. Po śmierci Jana ostatni rozdział został prawdopodobnie dodany: “Ten właśnie uczeń daje świadectwo o tych sprawach i on je opisał. A wiemy, że świadectwo jego jest prawdziwe. Jest ponadto wiele innych rzeczy, których Jezus dokonał, a które, gdyby je szczegółowo opisać, to sądzę, że cały świat nie pomieściłby ksiąg, które by trzeba napisać” (J 21,24–25).
Ciśnie się na usta pytanie. Dlaczego w Objawieniu się Jezusa Chrystusa, Syna Bożego, towarzyszy tyle niejasności, wątpliwości, znaków zapytania? Po ludzku oczekuje się pełnej jasności i zrozumienia doktryny chrześcijańskiej. Jest inaczej, a to świadczy, że za tym fenomenem kryje się ukryty sens, który prowokuje do szukania zrozumienia. Być może, że o to chodzi, aby Prawda stanowiła cel ludzkiego życia, poszukiwań, i ludzkiej egzystencji. “I poznacie prawdę, a prawda was wyzwoli” (J 8,32).